איסאקו בן התשע חי בכפר דייגים יפני עלוב ומבודד, אשר תושביו מצויים על סף רעב. הסיפור משתרע על פני שלוש שנים שבהן נעדר אבי המשפחה מהבית, לאחר שנאלץ לשעבד את עצמו. מילות הפרדה של אביו לאמו: "אל תניחי לילדים לרעוב", מכוונות את מעשיו של איסאקו ועומדות בבסיס תפילתו לבוא "או־פונה־סמה".

תושבי הכפר, המתפרנסים בקושי מדגת הים ומהפקת מלח, מנסים למשוך אל החוף "או־פונה־סמה" – ספינות העוברות בים, כדי לבזוז את מטענן. אך יום אחד מתנפצת אל חופם ספינה הנושאת מטען אחר מזה שציפו לו.

ספינות טרופות הוא סיפור החטא ועונשו בגרסה יפנית ימי ביינימית. מאופקת, אך אכזרית ומטלטלת. הקוראים, המפללים עם בני הכפר לבוא "או־פונה־סמה", נחרדים לגלות את תהפוכות הגורל האנושי.